プロフィール

(English version is here)

バイオインフォマティシャン（もしくは、計算生物学者）。

研究テーマ

ゲノムアセンブリは、ゲノム配列というギガバイトのオーダーの長さの文字列を、そこからノイズ込みで観測された (キロバイトのオーダーの) 部分文字列の集合から再構成するという推定問題です。再構成する配列の中身によってアセンブリの難しさは異なりますが、私の博士研究のメインテーマは最も困難とされる反復配列 (リピート) のアセンブリでした。最近では、正確かつ高効率なゲノムアセンブリのための計算手法・プログラムの開発、および、複数の (モデル・非モデル) 生物のアセンブリプロジェクトに取り組んでいます。

職歴

2023 年 1 月 –

  • 特任助教 @ 東京大学大学院 新領域創生科学研究科 メディカル情報生命専攻 森下研究室

2022 年 4 月 – 2022 年 12 月

  • 特任研究員 @ 東京大学大学院 新領域創生科学研究科 メディカル情報生命専攻 森下研究室

2020 年 7 月 – 2022 年 3 月

  • 博士研究員 @ 沖縄科学技術大学院大学 Myers ユニット

2020 年 4 月 – 2020 年 6 月

  • 特任研究員 @ 東京大学大学院 新領域創生科学研究科 メディカル情報生命専攻 森下研究室

学歴 & 学位論文

2017 年 4 月 – 2020 年 3 月

  • 博士(科学) @ 東京大学大学院 新領域創生科学研究科 メディカル情報生命専攻
  • 論文題目: “Toward complete reconstruction of repetitive sequences in metagenome and centromere (メタゲノムおよびセントロメアにおける反復配列の完全な再構成に向けて)”
  • 指導教官: 森下真一教授

2017 年 9 月 – 2018 年 3 月

  • 客員学生 @ Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics
  • アドバイザー: Gene Myers 教授

2015 年 4 月 – 2017 年 3 月

  • 修士(科学) @ 東京大学大学院 新領域創生科学研究科 メディカル情報生命専攻
  • 論文題目: ”De novo metagenome assembly and methylation-guided host-matching of mobile elements using SMRT sequencing (De novo メタゲノムアセンブリおよびメチル化パターンによる環状コンティグ の宿主マッチング)”
  • 指導教官: 森下真一教授

2011 年 4 月 – 2015 年 3 月

  • 学士(理学) @ 東京大学 理学部 生物情報科学科
  • 論文題目: “Metagenome assembly using PacBio long read (PacBio ロングリードを用いたメタゲノムアセンブリ)”
  • 指導教官: 森下真一教授

フェローシップ等

2018 年 4 月 – 2020 年 3 月

  • 日本学術振興会 特別研究員 (DC2)

2016 年 7 月 – 2017 年 6 月

  • インターン (ソフトウエア開発、データ分析) @ 政策研究大学院大学

2015 年 12 月 – 2016 年 1 月 & 2016 年 12 月 – 2017 年 1 月

  • TA (“情報基礎実験”; 森下真一教授) @ 東京大学 理学部 生物情報科学科

2015 年 4 月 – 2018 年 3 月

  • 東京大学大学院 博士課程教育リーディングプログラム (社会構想マネジメントを先導するグローバルリーダー養成プログラム, GSDM)

受賞歴

  • 研究科長賞 [博士論文; 東京大学大学院 新領域創生科学研究科] (2020 年)
  • Excellent Research Award (最優秀賞) [博士論文; 東京大学大学院 新領域創生科学研究科 メディカル情報生命専攻] (2020 年)
  • Excellent Research Award (最優秀賞) [修士論文; 東京大学大学院 新領域創生科学研究科 メディカル情報生命専攻] (2017 年)

査読有り論文

学術雑誌

  • Takeuchi, T., Suzuki, Y. (joint-first), Watabe, S., Nagai, K., Masaoka, T., Fujie, M., Kawamitsu, M., Satoh, N., & Myers, E. W. A high-quality, haplotype-phased genome reconstruction reveals unexpected haplotype diversity in a pearl oyster. DNA Research 29(6), 1-13 (2022). doi:10.1093/dnares/dsac035
  • Suzuki, Y., Nishijima, S., Furuta, Y., Yoshimura, J., Suda, W., Oshima, K., Hattori, M., & Morishita, S. Long-read metagenomic exploration of extrachromosomal mobile genetic elements in the human gut. Microbiome 7, 119 (2019). doi:10.1186/s40168-019-0737-z

プロシーディング

  • Suzuki, Y. & Myers, G. Accurate k-mer classification using read profiles. In C. Boucher & S. Rahmann (Eds.), 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022), Leibniz International Proceedings in Informatics, 242, 10:1–20. (2022). doi:10.4230/LIPIcs.WABI.2022.10

その他出版物

雑誌記事

  • 鈴木慶彦, 森下真一. ヒトゲノム完全解読の成功とその意義. 実験医学 2022 年 8 月号. 羊土社. (2022 年). doi:10.18958/7061-00002-0000208-00
  • 鈴木慶彦, 西嶋傑, 森下真一. ロングリードメタゲノミクス. ヒトマイクロバイオーム Vol. 2. NTS. (2020 年).
  • 鈴木慶彦, 森下真一. PacBio ロングリードを用いたメタゲノム解析. 実験医学別冊 メタゲノム解析 実験ハンドブック. 羊土社. (2016 年).

口頭発表 (太字は発表者)

国際学会

  • Suzuki, Y. & Myers, E. W. Accurate k-mer classification using read profiles. 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022), Potsdam, Germany. (Sep 2022).
  • Suzuki, Y. & Myers, E. W. Accurate k-mer classification using read profiles. Biodiversity Genomics 2021, Online Conference. (Sep 2021).
  • Suzuki, Y., Nishijima, S., Furuta, Y., Suda, W., Oshima, K., Hattori, M., & Morishita, S. Highly diversified metamethylome and metamobilome in human gut metagenomes. SMRTLeiden, Leiden, Netherland. (May 2017).
  • Suzuki, Y., Nishijima, S., Furuta, Y., Suda, W., Oshima, K., Hattori, M., & Morishita, S. Metagenome, metamobilome and meta-methylome of human gut flora uncovered by SMRT sequencing. Advances in Genome Biology and Technology (AGBT) General Meeting, Hollywood, Florida. (Feb 2017).

国内学会

  • 池内健太, 鈴木慶彦, 原泰史. 企業のプレスリリース情報を用いたイノベーションの価値の測定. 日本経済学会, 京都. (2017 年 7 月).

ワークショップ、セミナー、シンポジウム等

  • Suzuki, Y & Myers, E. W. Accurate k-mer classification using read profiles. OIST-UT Genomics Research Seminar, Okinawa, Japan. (Mar 2022).
  • 鈴木慶彦. ロングリードのゲノムアセンブリ技術と腸内細菌叢解析. ゲノムテクノロジー第 164 委員会 第 56 回研究会, 東京. (2018 年 4 月).

ポスター発表 (太字は発表者)

国際学会

  • Takeuchi, T., Suzuki, Y., Watabe, S., Nagai, K., Masaoka, T., Fujie, M., Kawamitsu, M., Satoh, N., & Myers, E. W. A high-quality, haplotype-phased genome reconstruction reveals unexpected haplotype diversity in a pearl oyster. International Genome Graph Symposium (IGGSy), Ascona, Switzerland. (Jul 2022).
  • Suzuki, Y., Nishijima, S., Furuta, Y., Suda, W., Oshima, K., Hattori, M., & Morishita, S. De novo metagenome assembly and methylome of the human gut microbiome using SMRT sequencing. The Biology of Genomes, Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) Meeting, New York. (May 2017).
  • Suzuki, Y., Nishijima, S., Furuta, Y., Suda, W., Oshima, K., Taniguchi, J., Yoshimura, J., Hattori, M., & Morishita, S. Meta-methylome analysis with SMRT sequencing revealed a diversity of DNA methylation motifs in uncultured human gut microbiomes. The Biology of Genomes, Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) Meeting, New York. (May 2016).
  • Suzuki, Y., Nishijima, S., Furuta, Y., Suda, W., Oshima, K., Taniguchi, J., Yoshimura, J., Hattori, M., & Morishita, S. Meta-methylome of human gut microbiome using SMRT sequencing. Advances in Genome Biology and Technology (AGBT) General Meeting, Orlando, Florida. (Feb 2016).
  • Suzuki, Y., Taniguchi, J., Yoshimura, J., Oshima, K., Hattori, M., & Morishita, S. De novo metagenome assembly using PacBio long reads. The Biology of Genomes, Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) Meeting, New York. (May 2015).